生态公益林管护机制为责任承包、专业管护。生态公益林区划界定前已承包经营的山林，以承包经营者为管护责任主体，村级组织为监管主体，要把管护责任具体落实到承包经营者，并签订管护责任书。其他集体生态公益林以村集体为管护责任主体，承担管护责任。国有林场等国有单位经营管护的生态公益林，保持现有管护模式不变。
生态公益林的日常管护工作由专业护林员承担，护林员履行森林防火、病虫害防治、野生动植物保护、制止乱占林地和盗砍滥伐林木等五项管理职责。从生态公益林补偿资金中专门安排管护经费用于聘用专业护林员承包管护。护林员招聘采取先村内后村外，村级组织推选、镇政府审核、区农林水利局聘用的方法，将承包管护的面积和权利、责任、报酬等予以张榜公布和签订管护合同。生态公益林补偿资金除按规定安排部分用于专业护林员管护费等外，其余的要在明确责任义务的前提下合理分配。
生态公益林面积较小、零散的、难于管护的村，可依法通过公开、规范的程序，将生态公益林委托给镇（街）统筹安排护林员管护。
