菌根是一类土壤有益真菌与高等植物建立的共生互惠联合体 。菌根对植物具有多种有益功能，包括扩大根系吸收面积，提高其吸收水肥的能力；直接分解利用有机物和氮、磷、钾、硫、锌、铜等多种矿物元素，改善植物体内养分状况；产生生理活性物质，调节树木生理代谢活动，促进其成活、生长，提高其抗逆性和免疫性，从而提高苗木质量和合格苗产量，大幅度提高造林成活率和幼林生长；改善土壤理化性质，提高土壤活性；排除植株个体间竞争，保持森林稳定发展，提高森林生产力。在长期的生存进化过程中，植物尤其树木已形成了依赖菌根在自然条件下成活和生长的特性，许多树木对菌根已产生绝对的依赖性，在自然条件下没有菌根就生长不良，甚至死亡，菌根是它们在自然条件下成活和生长的前提。
菌根的六大有益效应：
1.提高植物根系吸收水、肥的能力
1.提高植物根系吸收水、肥的能力
菌根以两种方式提高植物根系的吸收能力，一是通过保护吸收根、延长其寿命，植物普通吸收根主要依靠根毛吸收水、肥，根毛寿命很短，仅10~20天就死亡，随着幼根生长不断形成新的根毛代替死亡的根毛，因此，其吸收能力弱且不稳定，植物吸收根形成菌根后，以菌根代替根毛吸收水、肥，菌根的寿命比根毛长得多，而且其吸收能力强且稳定。二是通过扩大根系的吸收面积，菌根多分支的菌丝套、外伸菌丝、菌丝束和根状菌索在土壤中纵横交错，形成庞大的菌丝网，其吸收面积要比没有菌根，仅依靠根毛吸收的总面积大得多，因此可以吸收更大土壤范围内的水分和养分。
2. 提高植物对矿物质和有机质的分解和利用
2.提高植物对矿物质和有机质的分解和利用
菌根真菌在代谢过程中能分泌多种酶，如磷酸酶、纤维素酶、过氧化氢酶、蛋白酶等，来分解土壤中不溶解的矿物质和有机质，使其变为植物可以直接吸收利用的物质。在菌根的帮助下，植物可以从未风化的矿物质，如磷灰石、石灰石、长石中吸收养分，也可以从泥炭、粗腐殖质、木质素和蛋白质等有机化合物中吸取所需营养物质。
3.分泌生长激素和生长调节素，促进植物生长
3.分泌生长激素和生长调节素，促进植物生长
菌根真菌在代谢过程中产生多种生长刺激素，包括生长素，如吲哚乙酸、细胞分裂素、赤霉素和生长调节素如维生素B等，调节植物体内养分运转，促进植物生根、生长和发育。
4.增强植物的抗逆性，提高成活率
4.增强植物的抗逆性，提高成活率
菌根真菌对环境的适应性比植物强，因而当它们与植物形成菌根后可以增强植物的抗逆性，如对土壤干旱、瘠薄、极端温度、酸碱度和高浓度土壤有毒物质的抗性和耐性，提高恶劣环境下的造林成活率。
5.提高植物抗病性
5.提高植物抗病性
菌根提高植物抗病性的机理包括四方面（1）由于菌根真菌侵染了植物根系，充分利用了植物根系过剩的碳水化合物，减少了病原菌可利用的营养物质及其侵染的机会。（2）由于菌根真菌的侵染，引起植物根部皮层细胞防御性反应，产生植抗素，抑制病原菌的生长和侵入。（3）许多菌根真菌对病原菌有拮抗作用，产生植抗素，抑制病原菌的生长和侵染。（4）菌根具有保护作用的根际微生物群落，成为防御病原菌侵染的第一道防线；外生菌根的菌丝套保护植物根系，成为防止病虫侵入的机械屏障，为第二道防线；菌根内的哈蒂氏网对病虫侵入起阻隔作用，成为病原生物侵入的第三道防线。因此菌根对病害尤其是根部病害，如立枯病、猝倒病、根腐病等具有极好的防治作用。
6.改良土壤，提高其生产力
菌根制剂适用范围：
菌根制剂在林业六大生态工程建设，尤其是退耕还林（草）工程 、风沙源治理工程、我国西部生态环境建设等方面具有广阔的应用前景，需要应用菌根化技术首先满足植物需要菌根的生物学要求，同时恢复土壤活性。本项成果适用范围较广，包括林业、农业、园艺、园林、土地复垦及环保等领域，尤其在土壤和植被遭到严重破坏，地力衰退及环境污染、工业废矿区、常规造林困难，屡遭失败的地区效果更为明显。
菌根制剂使用方法：
1.菌根化育苗：
菌根化育苗：
播种育苗：可直接撒施在育苗床表面或播种沟底 部；也可将菌根制剂与种子按1：1的比例混合均匀后播种；
容器育苗：可直接在容器袋内穴施，每株0.5~1.0ml菌剂；
扦插育苗：可直接穴施或将菌剂配成泥浆后蘸插口后扦插；
2.菌根化植苗造林
截根菌根化育苗：先在沙床上播种培育小芽苗，在芽苗种壳将要脱落且胚根上未长出侧根时，将芽苗从沙床中轻轻拔出，将胚根根尖切去1/4~1/2长度，在苗床上用竹签先插个栽植穴，将菌根制剂放入少许，再将切根后的芽苗栽入即可；此方法可保证幼苗形成完整的菌根化根系，大幅度提高苗木质量，应用此苗木造林成活率极高；
菌根化植苗造林：
如采用苗圃中培育的菌根化苗造林，则可直接进行栽植，不需要二次使用菌根剂；如采用常规苗木造林，则可按下述方法进行菌根化：
穴施：可直接在栽植穴内根据苗木大小施入适量的菌根制剂；
泥浆蘸根：将1升菌根制剂加5公斤水稀释，使菌根制剂分散于水中，再加入适量的细黄心土，搅拌成粘稠度合适的泥浆，将苗木根系适当修剪后在泥浆中蘸5秒钟后栽植即可；
