与檀香紫檀 （Pterocarpus santalinus）同属的印度紫檀（Pterocarpus indicus）也曾被认为是紫檀木（又名青龙木），这种观点原先见于国内有的学术辞典和家具 研究专著中，后经过许多木材 学家的考证已将其更正。印度紫檀分布范围较广，这种木材过去出口量较大的国家为菲律宾，该树种是菲律宾的国树，称为“那拉（Narra）”或“血木Bloodwood）”；印度、缅甸和安达曼群岛所出产的印度紫檀材质较好，颜色深而比重大，商用名叫做“缅甸黄檀 ”或“安达曼红木 ”；生长于印尼东部马鲁古群岛的印度紫檀被视为变种，因多树瘤而成为珍贵的装饰用材，以当地省会名安汶（Ambon或Amboyna）而命名为“安波那”；其他地区的印度紫檀因木材颜色浅，密度小均被认为属于轻花梨。我国华南有些地区引种了印度紫檀作为街道行道树。印度紫檀也富含有紫檀素，亦被用于提取染料物质，在此方面可作为檀香紫檀的替代物。

由于历史习惯的不同，在日本和中国南方少数地区把东南亚产黄檀属（Dalbergia spp.）的一些树种的木材当做紫檀,如紫红色的交趾黄檀、紫褐色的巴里黄檀和紫灰褐色的阔叶黄檀被称作“紫檀”、“印尼紫檀”、“广叶紫檀”等。国内广西等地还有把小叶红豆（Ormosia microphylla）的紫红色心材叫紫檀的，是因为木材颜色与紫檀相似，但材质不可相提并论。

生长于印度东北部孔雀豆（Adenanthera pavonina） 也被叫做“Red Sandalwood”（与檀香紫檀商用名相同）或“False Sandalwood”（中译名：假檀香木，说明并非紫檀，以示区分），心材较红，并同样具有染色用的紫檀素（Santalin），过去也曾一度被认为是古代家具用材中的红木，现已被证实为误考。

紫檀木的商品木材名称有时也与东南亚产苏木（Caesalpinia sappan）相混淆，都被叫做“Sappan”。究其原因，可能是二者均为重要的染料用材所致。但这种苏木属于云实科，树叶为二回羽状复叶，荚果形态也与紫檀显著不同。17世纪时曾作为重要的贸易商品从暹罗等东南亚国家运销海外（主要是日本），这种苏木相比同为染料用材的巴西产苏木C. echinata）的颜色较为浅淡。

有研究认为，在16世纪时曾有菲律宾产木材“廷达娄（Tindalo）”在中菲贸易中输往中国制作紫檀家具。现已知这种木材所对应的代表树种为 Afzelia rhomboidea，隶属于云实科（苏木科）缅茄属，是菲律宾的名贵树种，在四百多年前已在当地作为建筑用材被用于修建天主教堂。这种木材的地方名曰：巴拉扬（Balayong）、菲律宾科科波罗（Philippine cocobolo）。色泽为深红色并有黑色条纹。但究竟传统紫檀家具中是否有这种木材，现在还没有定论。

几十年来，木材学家们已将上述不同观点整理澄清，并对紫檀木的树种名已经达成了一致意见。在2000年所颁布的红木国家标准（GB/T 18107-2000 ）中仅将原产地在印度的檀香紫檀（Pterocarpus santalinus）定义为紫檀木，将黄檀属的木材列入酸枝木范畴，紫檀属其他部分木材归入花梨木类，这与我国明清传统家具的用材情况是相一致的。

在西方历史上记载古代的所罗门圣殿中使用了紫檀木（Almug），并且这批珍贵木材来自现在我们已经无法确定的一个地区——俄斐（Ophir）。关于俄斐的具体位置历史地理学家们有争议，认为在中东、印度或者是东部非洲。卢比克（D. W.Roubik）在1995年 出版的世界粮农组织期刊中也撰文认为檀香紫檀（Pterocarpus santalinus）的起源地应当是在非洲，但并不清楚这个树种是何种原因传入了印度。

有关于紫檀木的使用历史的记载年代因为远早于其拉丁文学名的命名年代，加上人们的各种习惯叫法名称常随时间推移而产生变化，所以很多历史文献的内容是否可与现在的实际情况相对应，都不是能够确定的。