《办法》明确，考核内容包括国家重点林木良种基地良种生产、基础设施建设、科技支撑、制度建设、资金管理等。考核分为省级考核和国家级考核。

        《办法》规定，基地良种产量高出近3年最高产量的30%，种质资源收集、建园技术取得突破性进展或处于全国领先水平，品种选育与推广中获得专利、注册商标等，基地开展创新性实用技术课题研究并获得省级以上奖励等情况的，均可获得奖励加分。如出现无正当理由未完成生产建设任务的，生产的林木种子、苗木已不适应当地或周边地区林业发展需要的，在林木种苗生产经营中出现严重质量事故的，基地管理混乱、挪用资金等情况的，即为考核不合格，国家林业局将取消其国家重点林木良种基地资格。

        此外，国家林业局将对各国家重点林木良种基地考核总分从高到低进行排序。对总分位列前10名的基地，由国家林业局予以通报表扬；对考核不合格的基地，国家林业局将对其任务、资金进行调控，并限期整改。整改不合格的，将取消国家重点林木良种基地资格。