招标代理机构作为社会中介组织，应独立于政府和人之外，客观、公正地履行职责，提供各项服务。在现实生活中，由于一些历史上的原因，一些招标代理机构直接隶属于某一行政机关，在与其他招标代理机构开展业务竞争的同时，还行使行业管理者的职能，为其他代理机构确定行为规范。这种政企（事）不分的状况，根本违背了市场经济条件下“建立办事高效、运转协调、行为规范的行政管理体系”的基本原则。此外，由于这些代理机构与主管行政机关之间有着千丝万缕的关系，在竞争中处于绝对的优势地位，给其他代理机构造成不公平的待遇。为此，法律明确规定：招标代理机构不得隶属于任何行政机关或国家机关，或者与其他利益关系。“隶属”，即受管辖或从属；隶属于行政机关或国家机关，即受行政机关或国家机关管辖，主要负责人由行政机关任命，以行政机关名义发布文件等。“利益关系”，即虽不直接隶属于行政机关，但与行政机关之间有着经济上的联系，受行政机关的影响，如挂靠在行政机关名下，成为“联系单位”；按业务额向行政机关缴纳管理费，接受其管理；依据行政机关发布的文件，对行政机关审批的项目实行垄断招标代理，等等。从这个意义上讲，任何政府部门及所属机构以及行政、事业单位，均不得成为招标代理机构。