茂兰喀斯特森林是一种特殊的森林植被类型，其分布集中、原生性强、相对稳定及脆弱和难以恢复的特性在世界植被中占有重要地位，它不仅具有重要的基础理论研究意义，而且对中国西南石质荒漠化地区，特别是对南方湿润地区森林植被的恢复与生态环境的重建具有重要的生产指导意义。茂兰喀斯特森林自然景象，生动地提示出喀斯特地区的奥秘，构成别具一格的"喀斯特漏斗森林景观"。

茂兰喀斯特森林由于其岛屿状的喀斯特地貌和特殊生境，产生了较多的特有物种，是许多动植物新种的土产地，是提供大量引种驯化、遗传育种繁殖材料的天然“基因库”。独特的水文地质二元结构由于喀斯特森林强大的蓄水功能，形成了森林滞留水与地下水所组成的独特水文地质二元结构，极大改善了地下水与地表水循环交替的条件，充分显现出茂兰喀斯特森林强大的涵养水源和水土保持功能，有效防止了因石质荒漠化引起旱涝交加的自然现象。茂兰喀斯特森林因保存完好，境内人烟稀少，无任何工业，受人为干扰较小，其大气、水质、底质（有机质、硫化物、粒度、氧化还原电位）、营养盐类、水文要素等非生物生态因素指标和森林植物群落、陆生动物群落、微生物等生物生态因素指标均接近自然本底，自然生态平衡达到完美、和谐的理想状态，为环境保护的研究和发展提供重要的科学依据。保护区内森林生态旅游资源丰富，喀斯特地貌与森林、水体交相辉映，山、水、林、洞、湖、瀑等各种自然景观构成了一幅画卷，环境质量和旅游舒适度也为保护区旅游开发提供了良好的基础条件。