林木种子行政许可是指林业行政主管部门或其授权和委托的种苗管理机构根据当事人的申请，依法对申请人进行审查并赋予符合法定条件的申请人从事种苗生产或者经营的法律资格的一种具体行政行为。林木种子行政许可制度，作为林业行政许可制度的重要组成部分，是林业行政管理的一个重要手段，对规范种苗市场，提高种苗质量，确保造林质量具有十分重要的意义。林木种子行政许可制度包括林木种子生产许可制度和林木种子经营许可制度。林木种子包括林木的种植材料或者繁殖材料。
　　根据《种子法》和《林木种子生产、经营许可证管理办法》规定，主要林木商品种子生产和林木种子经营实行许可制度。经营林木种苗的单位和个人必须先在申领《林木种子经营许可证》后，方可凭经营许可证向工商行政管理机关申请办理或者变更营业执照。
　　按照《种子法》第二十七条、第二十九条规定，不需要办理林木种子经营许可证的有三种情况：农民个人自繁、自用的常规种子有剩余的，可以在集贸市场上出售、串换，不需要办理种子经营许可证；种子经营者专门经营不再分装的包装种子的；受具有种子经营许可证的种子经营者以书面委托代销其种子的，可以不办理种子经营许可证。
　　《种子法》第二十二条、第三十一条规定：禁止伪造、变造、买卖、租借林木种子生产、经营许可证；禁止任何单位和个人无证或者未按照许可证的规定生产、经营林木种子。《种子法》第六十条规定，违反该规定的单位和个人，由县级以上人民政府林业行政主管部门责令改正，没收种子和违法所得，并处以违法所得一倍以上三倍以下的罚款；没有违法所得的，处以一千元以上三万元以下罚款；可以吊销违法行为人的种子生产许可证或者种子经营许可证；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
　　林木种子生产、经营许可证实行分级审批发放制度。申请生产、经营主要林木良种的，许可证由生产、经营者所在地县级人民政府林业行政主管部门审核，省、自治区、直辖市人民政府林业行政主管部门核发；申请生产其他主要林木商品种子和其他林木种子经营的，许可证由生产、经营者所在地县级以上地方人民政府林业行政主管部门核发；实行选育、生产、经营相结合，注册资本金额达到2000万元的林木种子公司和从事林木种子进出口业务的公司的许可证，由省、自治区、直辖市人民政府林业行政主管部门审核，国家林业局核发。
　　林木种子生产、经营许可证的申请。申请领取林木种子生产经营许可证的单位和个人应按照《林木种子生产经营许可证管理办法》规定，提交相应材料，同时应具备相应的条件。
　　实行选育、生产、经营相结合的林木种子公司，应当提供自有品种的证明或者选育目的品种情况介绍材料；从事林木种子进出口业务的公司，应当提供具有林木种子进出口贸易许可的证明。
　　林木种子生产、经营许可证审核与发放。林木种子生产经营许可证审核或审批机关在收到申请材料之日起15个工作日内，对提供的有关材料进行审核，对生产用地、生产机械、经营场所、仓储设施、检验设施、仪器设备等进行现场勘察。对符合条件的，应予以批准核发或签署审核意见上报审批机关；对不符合规定条件的，应当书面通知申请者或审核机关，退还申请材料，并说明理由。
　　林木种子生产、经营许可证的监督管理。林木种子生产、经营许可证是林木种子生产者经营者依法生产、经营林木种子的凭证。生产者、经营者必须按照许可证核定的生产经营地点及种类进行生产经营，不得超范围生产经营，不得擅自涂改、变更。林木种子生产、经营许可证有效期3年。
　　按照《种子法》第七十条规定，林业行政主管部门对不具备条件的林木种子生产者、经营者核发许可证的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
　　为了进一步落实林木种子生产经营许可制度，今年1月20日，国家林业局发布了2003年第1号公告，要求凡是从事林木种苗生产经营的单位和个人，必须在2003年6月30日以前申领许可证。到目前为止，林木种子生产经营许可证的发放数量，已由2002年的4万份提高到现在的7.6万份。