天然林保护工程以从根本上遏制生态环境恶化，保护生物多样性，促进社会、经济的可持续发展为宗旨；以对天然林的重新分类和区划，调整森林资源经营方向，促进天然林资源的保护、培育和发展为措施，以维护和改善生态环境，满足社会和国民经济发展对林产品的需求为根本目的。对划入生态公益林的森林实行严格管护，坚决停止采伐，对划入一般生态公益林的森林，大幅度调减森林采伐量；加大森林资源保护力度，大力开展营造林建设；加强多资源综合开发利用，调整和优化林区经济结构；以改革为动力，用新思路、新办法，广辟就业门路，妥善分流安置富余人员，解决职工生活问题；进一步发 我国天然林挥森林的生态屏障作用，保障国民经济和社会的可持续发展。
天然林森林区划：
以现代林业理论、“林业分工论”、可持续发展理论为指导思想，结合社会对森林的生态和经济的不同需求，以及森林多种功能主导利用方向的不同，按照自然条件、地理位置、水系、山脉特征将林业用地划分为生态公益林和商品林两类。其中，生态公益林又根据保护程度的不同将其划分为重点保护的生态公益林（简称重点公益林）和一般保护的生态公益林（一般公益林），并分别按照各自特点和规律确定其经营管理体制和发展模式，以充分发挥森林的多种功效。
1.重点公益林将大江大河源头、干流、一级支流及生态环境脆弱的二级支流中的第一层山脊以内的范围，大型水库、湖泊周围和高山陡坡、山脉顶脊部位及破坏容易恢复难的森林划定为重点公益林，主要包括以水源涵养林和水土保持林等为主的防护林和以国防林、母树林、种子园和风景林为主的特种用途林。对重点生态公益林区实行禁伐，禁止对所有天然林及人工林的采伐。实行重点投入，集中治理区域内的水土流失，加快治理速度，优先安排坡耕地的还林建设，以封山育林为主，人工造林、人工促进天然更新多种方式相结合，加快宜林地的造林绿化进程。重点生态公益林管护要根据森林生态系统自身的生物学特性和在维持生态平衡中的作用，建立森林生态系统管护区，采取有效措施保持生态公益林系统的自然性和完整性。积极恢复和保护现有天然林资源，强化森林生态系统自身的调节能力，努力扩大生态公益林的防护能力，充分发挥其在自然环境中的平衡作用，不断减少自然灾害的危害，促进生态系统和生活环境的良性循环，以确保国土的长治久安和水利枢纽工程的长期效能。
2.一般公益林集生态需求与持续经营利用于一体的生态公益林划定为一般公益林，实施一般性保护。根据可采资源状况，进行适度的经营择伐及抚育伐，以促进林木生长及提高林分质量。一般生态公益林管护要采取生物资源管护实验区的管理方式，坚持因地制宜、用地养地、丰富物种、综合治理、稳产高效的建设方针，在加强森林资源保护管理的同时，积极开展科学研究、大力发展生物资源、合理进行森林多资源的开发利用，实现林业经济社会和生态环境的可持续发展。
3.商品林在地势较平缓、立地条件较好，森林采伐后对生态环境不产生重大影响的地区划定为商品林经营区。采取集约经营的方式，以较少的土地和较短的周期，定向培育具有适度规模的以工业原料林为主的速生丰产用材林和经济林等，能解决森林资源接续，增加木材供给，提供市场所需林产品，培植新的林业经济增长点，使天然林资源切实得到保护。商品林主要包括珍贵和大径级用材林、工业纤维林、常规用材林、材脂两用林、商品竹林；以生产果品、木本粮油、饮料、调料、香料、化工原料、木本药材和木本粮食等为主的经济林；以及生产木质热能原料和生活燃料的能源林。
